CI-DESSUS: On pense que les chats civets ont transmis le virus du SRAS-CoV, le virus à l’origine de l’épidémie de SRAS de 2003, des chauves-souris aux humains.
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Lorsqu’une nouvelle épidémie zoonotique se produit, les scientifiques se précipitent pour retracer l’espèce d’origine de l’infection. Souvent, l’infection passe de son porteur animal initial à une espèce hôte intermédiaire, qui transmet ensuite le virus à l’homme. L’identification des espèces hôtes intermédiaires permet la mise en œuvre de politiques de santé publique visant à atténuer les risques et permet aux chercheurs de mieux comprendre l’évolution et la pathogenèse de la maladie.

Le SARS-CoV-2, le virus à l’origine du COVID-19, appartient à la même famille de virus que le SARS-CoV et le MERS-CoV, qui ont d’abord circulé chez les chauves-souris avant de se transmettre à l’homme via des hôtes intermédiaires. Bien que le SARS-CoV-2 soit probablement parvenu aux humains par une voie similaire, « nous n’avons actuellement aucune preuve qu’il existe un hôte intermédiaire », explique William Karesh, vice-président exécutif de la santé et des politiques chez EcoHealth Alliance, qui note que les coronavirus peuvent se transmettre directement des chauves-souris aux humains sans intermédiaire.

L’épidémie de SRAS de 2003 a commencé par la transmission du virus entre les chauves-souris et les chats civets, qui l’ont ensuite transmis aux humains. De même, l’hôte intermédiaire au cours de l’épidémie de MERS de 2012 aurait été des dromadaires.

Voir « D’où viennent les coronavirus »

Alors que la pandémie de COVID-19 se poursuit, les scientifiques utilisent des modèles pour rechercher des hôtes intermédiaires potentiels. À ce jour (16 mars), plus de 164 000 cas ont été signalés et 6 507 décès ont été enregistrés. Les premières séquences complètes du génome du COVID-19 ont été publiées en janvier 2020, permettant aux chercheurs de comparer la version humaine du coronavirus à des souches de coronavirus déjà isolées chez les animaux.

Un article récent des laboratoires de Ralph Baric et Fang Li, publié dans le Journal of Virology, a utilisé le CoV-SARS de 2003 comme modèle pour simuler la structure des protéines clés du COVID-19 et prédire dans quelles autres espèces la souche du virus pourrait se lier d’une manière similaire à la façon dont elle le fait chez l’homme.

Les modèles soutiennent l’idée bien acceptée que l’interaction entre le domaine de liaison aux récepteurs (RBD) de la protéine du pic de coronavirus et l’enzyme de conversion de l’angiotensine du récepteur hôte 2 (ACE2) contrôle la transmission de la maladie dans le SRAS et le COVID-19. En d’autres termes, la protéine spike saisit l’ACE2 sur les cellules hôtes pour entrer dans les cellules, où elle se réplique, éclate la cellule et se propage à d’autres cellules. Les chercheurs ont ensuite modélisé des protéines réceptrices ACE2 appartenant à différentes espèces pour voir lesquelles sont vulnérables à l’infection par le SRAS-CoV-2. Il s’avère que les porcs, les furets, les chats, les orangs-outans, les singes, au moins certaines espèces de chauves-souris et les humains ont des niveaux d’affinité similaires pour le SARS-CoV-2 en fonction de la similitude structurelle de leurs récepteurs ACE2.

Bien que l’équipe n’ait pas exclu les civettes comme hôtes intermédiaires pour l’épidémie actuelle, elle a noté plusieurs différences dans le récepteur ACE2 de la civette qui la rendaient moins capable de se lier au SARS-CoV-2. L’hypothèse actuelle est que l’épidémie actuelle a commencé chez les chauves-souris, puis s’est déplacée vers une autre espèce. Alors que la plupart des premiers cas à Wuhan étaient liés au marché des fruits de mer de Huanan — qui vendait des fruits de mer et des animaux sauvages, y compris des serpents et des oiseaux — tous les cas n’ont pas de lien avec celui-ci. La grande variété de produits animaux disponibles sur le marché et les similitudes structurelles des récepteurs ACE2 chez de nombreuses « espèces suspectes » signifient que les scientifiques ne sont toujours pas sûrs de la chaîne de transmission du SARS-CoV-2.

Bien que ces modèles créent une liste restreinte d’espèces réservoirs potentielles, « cette étude n’identifie pas d’hôtes intermédiaires », prévient Baric. Il dit qu’il souhaite que les résultats aident les chercheurs à développer de nouveaux modèles animaux de coronavirus pour tester les vaccins et les médicaments et étudier la progression de la maladie.

« Il y a beaucoup de travaux expérimentaux en cours, qui, je pense, seront importants pour confirmer certaines des hypothèses avancées dans cet article », explique Andrew Ward, biologiste informatique au Scripps Research Institute qui n’a pas participé à l’étude.

Une étude de modélisation similaire réalisée par un ensemble différent de chercheurs a récemment été publiée dans le Journal of Medical Virology. Les auteurs proposent — en se basant sur les similitudes structurelles entre la RBD virale et l’hôte ACE2 — que les pangolins, les serpents et les tortues pourraient être des hôtes intermédiaires possibles du SARS-CoV-2. Les auteurs notent que des recherches supplémentaires sont nécessaires pour confirmer ces résultats, tandis que d’autres experts ont discrédité l’idée avancée par un autre groupe de chercheurs en janvier que les serpents sont des hôtes du SARS-CoV-2.

La confirmation de l’identité de tout hôte intermédiaire par l’expérimentation en laboratoire humide est un processus difficile, et les chercheurs peuvent ne jamais identifier le coupable définitif. « Vous pouvez tester des milliers de chauves-souris, mais pour attraper le coronavirus, vous devez les attraper le jour où elles le perdent », explique Karesh. Il explique que cela fait maintenant plusieurs mois que la transmission initiale du SRAS-CoV-2 entre l’animal et l’homme s’est produite, et que la circulation du coronavirus chez les animaux a peut-être chuté, ce qui rendrait la souche originale encore plus difficile à trouver.

Y. Wan et al., « Receptor recognition by novel coronavirus from Wuhan: An analysis based on decade-long structural studies of SARS », J Virology, doi: 10.1128/JVI.00127-20, 2020.

Claire Jarvis est une journaliste scientifique basée à Atlanta. Envoyez-lui un courriel à [email protected] ou retrouvez-la sur Twitter @StAndrewsLynx.

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